Cốt truyện anh hùng xạ điêu truyện bắt đầu từ năm Khánh Nguyên Tống Ninh Tông. Khi đó phát sinh Tĩnh Khang chi biến, Bắc Tống diệt vong, rời đô Hàng Châu, lịch sử xưng danh Nam Tống. Người Kim ở Đông Bắc dòm ngó, Mông Cổ ở phương Bắc không ngừng lớn mạnh, Tây hạ, Tây Liêu, Thổ Phiên,… cũng không phải hạng người thân thiện. Hoàng Đế nhà Tống yên vị một cõi, có cũng như không, ở dưới triều định hỗn loạn, lòng người hoang mang. Trong thời buổi loạn lạc, trên giang hồ các phái nổi dậy, võ lâm chí bảo “Võ Mục di thư” cũng “Cửu âm chân kinh” trở thành vật chống đỡ giang sơn Đại Tống, theo đuổi võ học điên phong mục tiêu và ký thác. Tứ đại tuyệt thế cao nhân Đông Tà, Tây Độc, Nam Đế, Bắc Cái dẫn dắt đệ tử, hàng loạt các đại môn phái như Toàn Chân Giáo, Cái Bang,…bị cuốn vào cuộc chiến tranh giành đoạt bảo, một trận chiến tại Hoa Sơn luận kiếm tranh đoạt vinh quang cùng “Cửu âm chân kinh”.  Thời bấy giờ,  từ triều đình vương tộc đến bách tính trăm họ, dù ở nơi nhà cao cửa rộng hay chốn giang hồ xa xôi, số mệnh của mỗi người đều gắn với loạn thế, đồng thời cũng ảnh hưởng tới hướng đi lịch sử của nó. Người chơi trở thành đệ tử danh môn, lần đầu bước chân ra giang hồ, lập lời thề đền nợ nước, tham gia tranh đoạt “Võ mục di thư” và “Cửu ân chân kinh”, bái phỏng tông sư võ học, kết giao anh hùng hào kiệt, cùng với cao thủ các phái, lực lượng triều đình lần lượt so tài, trải qua muôn vàn rèn luyện cuối cùng trở thành đại hiệp.